С момента появления концепции государственности в мире были приняты законы, направленные на совершенствование системы управления и приведение общества к единому порядку. За любые действия, противоречащие нормам закона, к людям применялись меры наказания, и наши предки тоже боролись с преступностью. Из исторических источников известно, что в качестве наказания они применяли заточение виновных в зиндан, избиение, обращение в рабство, конфискацию имущества и ряд других методов.

Позднее, в дореволюционном Туркестане, в Сырдарьинской, Ферганской, Самаркандской, Жетысуйской и Прикаспийской областях было построено 67 мест заключения.

После Великой Октябрьской социалистической революции 1917 года, несмотря на сложную обстановку, краевые и местные органы власти предпринимали жесткие меры по ликвидации старых и организации советских тюремных органов.

28 августа 1918 года было утверждено временное положение о Наркомате юстиции Туркестанской Республики, а для управления тюрьмами при нем был создан отдел. Тюрьмы в Пишпеке, Караколе и Оше на территории нынешнего Кыргызстана в те годы находились в ведении тюремного управления.

В 1919-1920 годах в Туркестанской Республике начались реформы: переход от тюремной системы к лагерной, то есть исправительно-трудовой.

В 1918-1924 годах общие места заключения в Кыргызстане именовались по-разному: «дома лишения свободы», «дома заключения», «места заключения», «исправительный дом», «исправительно-трудовой дом», «исправительно-рабочий дом» и просто «работный дом».

В 1922 году все исправительно-трудовые учреждения (ИТУ) были переданы в ведение НКВД организовано Управление местами заключения при Туркестанской Республике. В исправительном учреждении в Пишпеке была создана сельскохозяйственная колония. Таким образом, в 1924 году в Туркестане начала действовать постоянно действующая исправительная система.

После образования в 1924 году Кара-Кыргызской автономной области общее руководство местами лишения свободы осуществляла инспекция при облисполкоме. В области имелись три исправительных дома и один дом заключения. Первые «Правила внутреннего распорядка в исправительно-трудовых домах в Киргизской АССР» были разработаны в 1928 году.

В 1931 году создается Управление исправительно-трудовых учреждений и передается в подчинение Наркомата юстиции Киргизской АССР.

В 1935 году было создано Главное управление лагерей НКВД (ГУЛАГ), и до 1953 года все исправительные учреждения находились в ведении этого управления.

13 мая 1960 года Управление исполнения наказаний было переименовано в Управление содержания под стражей Министерства охраны общественного порядка Киргизской ССР.

30 мая 1969 года было создано Управление исправительно-трудовых учреждений МВД Киргизской ССР.

28 мая 1991 года было создано Управление исполнения наказаний Кыргызской Республики, а 4 июня 1993 года - Уголовно-исполнительное управление Кыргызской Республики.

14 апреля 1995 года было создано Главное управление исполнения наказаний МВД Кыргызской Республики.

20 июня 2002 года на основании постановления Правительства Кыргызской Республики № 391 Главное управление исполнения наказаний было выведено из состава МВД Кыргызской Республики и передано в ведение Министерства юстиции Кыргызской Республики.

Согласно Указу Президента Кыргызской Республики № 425 «О структуре Правительства Кыргызской

Республики» от 26 октября 2009 года была создана Государственная служба исполнения наказаний при Правительстве Кыргызской Республики (далее – ГСИН), в состав которой вошел Департамент исполнения наказаний и Департамент по охране исправительных учреждений и конвоированию осужденных и лиц, заключенных под стражу.

На основании постановления Правительства Кыргызской Республики от 4 октября 2011 года № 611 «О реформировании Центрального органа уголовно-исполнительной системы Кыргызской Республики» создана единая структура Центрального аппарата ГСИН путем упразднения Департамента исполнения наказаний.

На основании постановления Кабинета Министров Кыргызской Республики № 242 об организационных мероприятиях, связанных с утверждением структуры и состава Кабинета Министров КР от 6 ноября 2021 года, была уже утверждена Служба исполнения наказаний при Министерстве юстиции Кыргызской Республики и с тех пор СИН успешно осуществляет свою деятельность.  И