Система медицинского обслуживания в ГСИН, на сегодняшний день представлена следующей структурой: Главное медицинское управление, 10 медико-санитарных частей, 3 здравпункта и 1 стационарная лечебная больница (Центральная больница при учреждения №31 (на 315 койка мест). В Центральной больнице имеются отделения: многопрофильное, хирургическое, психоневрологическое, наркологическое, туберкулезное отделение.

      Организация медицинской помощи осужденным включает комплекс профилактических, лечебно-диагностических мероприятий, направленных на обеспечение их прав на охрану здоровья. На базе функционирующих медико-санитарных частей осужденным и лицам, содержащимся под стражей, оказывается медицинская помощь на амбулаторном уровне, стационарная помощь предоставляется в вышеуказанной больнице.

       При необходимости помощь оказывается в организациях гражданского здравоохранения, при условии надлежащей охраны и изоляции. Медицинская помощь оказывается в объемах, предусмотренных Программой государственных гарантий по обеспечению граждан Кыргызской Республики медицинской помощью.

       Реализуются совместные проекты с ПРООН Глобальным фонда:

- Программа «Поддерживающая терапия агонистами опиоидов», реализуется с 2008 года и функционирует в учреждениях №1,2,16,21,25,31,19.

       -  Программа проведения антиретровирусной терапии лицам, живущим с ВИЧ, и работа по приверженности к АРВ-терапии, реализуется с 2005 года. В настоящее время работает в 6 учреждениях №1,2,8,19,27,31.

Также налажена система преемственности с учреждениями МЗ КР. Так освобожденные тяжелобольные туберкулезом напрямую направляются в противотуберкулезные учреждения гражданского здравоохранения для дальнейшего лечения и наблюдения. В целом деятельность медицинской службы в области оказания медицинских услуг осужденным ведется на соответствующем уровне.

В рамках совместного межведомственного приказа с МЗ КР от 10.12.2020 года №603/1045 «Об усилении взаимодействия между Государственной службы исполнения наказания при Правительстве Кыргызской Республики и Министерством здравоохранения Кыргызской Республики» организуются экстренные консультации по линии санавиации, консультации узких специалистов МЗ КР больным с тяжелыми формами заболеваний. Организуется вывоз больных на обследования с диагностической целью, как ЯМРТ (ядерно-магнитно-резонансная томография), компьютерная томография, ЭхоКГ (эхокардиография), ЭЭГ (электроэцефалография), ВЭМ (велоэргометрия), КАГ (коронароангиография).

Усилено взаимодействие с такими крупными лечебными учреждениями МЗ КР, как Национальный центр кардиологии и терапии, Национальный госпиталь, Национальный центр онкологии и гематологии, Национальный центр фтизиатрии, Национальный хирургический центр. На базе данных учреждений тяжелым больным оказывается квалифицированная консультативная помощь, а также при необходимости предоставляется возможность прохождения обследования на современном оборудовании и стационарного лечения.

Профилактические осмотры заключенных.

 С 2018 года в учреждениях ГСИН проводятся ежегодные плановые профилактические осмотры. Заключенные проходят осмотры специалистами- терапевтами, хирургом, фтизиатром, урологом. Кроме этого им проводится скрининг на вирусный гепатит В, С и ВИЧ-инфекцию. выявлении вирусного гепатита заключенным проводится лечение противовирусными препаратами.